蓮花山鎢礦選礦工藝流程的尾礦設施和廢水處理：選礦廠排放的尾礦分為粗選及精選兩部，考慮尾礦再處理的可能性，將其分別堆存。粗選尾礦量約14萬噸/年，至1985年底庫，庫存總尾礦為222萬噸。含0.24%WO₃、0.004%Co、粒度-1.5毫米。精選排放的戰術核部隊礦量至今約有10萬噸，含1.4% WO₃、0.0332%Co、金4.3克/噸。

選礦廠全部回水用作生產，回水不足則由尾礦庫上游坑谷的泉水和庫內積蓄的雨水補給。由于礦石含大量易氧化的硫化鐵礦，礦體氧化較深，所以礦區的水呈酸性，硫酸業鐵含量很高，回水PH值約3.5～4。為便于生產應用和不危害附近農田，把礦區范圍內的坑道水和地表水都匯集到尾礦庫，經加石灰中和使水的PH值上升到5～6供給使用。

由于礦石性質復雜，自投產以來僅回收了單一鎢精礦，而且鎢的回收率很低，歷史最高水平是62.42%，最低為46%。

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